ลอยด์ ฟอร์จ นักสืบลับที่มีชื่อรหัสว่า “ทวีต” ซึ่งทำงานให้กับองค์กรสืบราชการลับที่เรียกว่า WISE ภารกิจของเขาคือการสอดแนมและแทรกซึมเข้าไปในองค์กรของศัตรูเพื่อป้องกันสงครามที่อาจเกิดขึ้นระหว่างประเทศในอนาคต
เพื่อที่จะเข้าถึงเป้าหมายในภารกิจที่สำคัญ ลอยด์ต้องสร้างครอบครัวขึ้นมาโดยมี ภรรยา และ ลูกสาว แต่ปัญหาคือครอบครัวที่เขาต้องสร้างนั้นต้องเป็น ครอบครัวที่สมบูรณ์แบบ และมีชีวิตที่ปกติที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้
อเยะ (ภรรยา) จริงๆ แล้วเป็น นักฆ่ามืออาชีพ ที่ซ่อนตัวตนจริงๆ ไว้ในฐานะ “นักฆ่าที่ไม่มีชื่อ” ซึ่งมีภารกิจของตัวเองที่เกี่ยวข้องกับการฆ่าคน ในขณะที่ อนย่า (ลูกสาว) มีพลังพิเศษในการ อ่านใจ ซึ่งทำให้เธอรู้ความคิดของคนรอบข้าง แม้ว่าทั้งสามคนจะไม่รู้ความจริงเกี่ยวกับกันและกัน แต่พวกเขาต้องใช้ชีวิตร่วมกันในฐานะครอบครัว และช่วยกันปกปิดตัวตนที่แท้จริงของตัวเอง
เรื่องราวเน้นไปที่ความสัมพันธ์ที่ซับซ้อนระหว่าง ลอยด์, อเยะ, และ อนย่า ซึ่งต่างคนต่างก็มีความลับที่ต้องซ่อนจากกันและกัน แต่ในขณะเดียวกันพวกเขาก็เริ่มสร้างความผูกพันและการพึ่งพาซึ่งกันและกันในฐานะครอบครัวที่ไม่สมบูรณ์แบบแต่เต็มไปด้วยความรักและความเข้าใจ
SPY×FAMILY เป็นมังงะที่ผสมผสานระหว่าง การสืบสวน, คอมเมดี้, และ ความสัมพันธ์ในครอบครัว ได้อย่างลงตัว ด้วยการเน้นไปที่ความสนุกสนานและการสร้างความเข้าใจระหว่างตัวละครที่มีความลับซ่อนเร้น แต่ต้องร่วมมือกันเพื่อบรรลุเป้าหมายที่พวกเขาตั้งใจ